בחפירות באתרים נאטופיים במזרח התיכון נחשפו עד היום שלדיהם של למעלה מחמש מאות של אנשים ונשים במאות קבורות שונות. הנטופים בחרו לקבור את מתיהם בתוך הישוב, במקרים רבים מתחת לרצפות הבתים בהם התגוררו. באתר הנטופי הגדול בעינן נחשפו בחפירות למעלה ממאה קבורות. ארבע מקבורות אלו מוצגות היום במוזיאון.
מנהגי הקבורה בתקופה לא היו נוקשים וקבועים. כול הנקברים נטמנו מתחת לאדמה אבל חלקם בבורות חפורים וחלקם בבורות הבנויים לוחות אבן. חלק מהקבורות הן קבורת בודדים וחלקן קבורת רבים: שניים, שלושה ואף יותר נקברים באותו הקבר. תנוחות הקבורה מגוונות – שכיבת פרקדן, תנוחה עוברית ועוד תנוחות רבות ושונות. בחלק מהקברים, בעיקר בשלב הקדום של התרבות הנאטופית הונחו מנחות קבורה כגון תכשיטים, קרני צבאים, כלי אבן ועצם ועוד. מקובל לראות בקבורות הנאטופיות עדות לראשית הופעת הפולחן והאמונה הדתית בהיסטוריה האנושית.
בקבורה 104-H נטמנה אישה מבוגרת (שימו לב ללסת ללא השיניים) בתנוחה עוברית וידה מונחת על גופתו של גור כלבים המונח למראשותיה. זו העדות הקדומה בעולם לביותו של הכלב מאבותיו הזאבים, בעל החיים הראשון שבוית על ידי האדם.