בתקופת האבן הקדומה חיו תושבי עמק החולה לצדם של קרנפים, היפופוטמים ופילים. עצמות פילים התגלו באתרי התרבות האשלית שנחפרו בארץ מרבדים בדרום ועד מעיין ברוך בצפון. כמה סוגים של פילים התקיימו בעבר בארץ (ממוטה, מסטדון, אלאפאס) אבל המין הנפוץ ביותר באתרים ארכיאולוגיים הוא הפיל ישר החט (Palaeoloxodon antiquus).

הפיל הוא בעל החיים הגדול ביותר ביבשה. פילים ישרי חט היו ענקיים והגיעו למשקל של עד 10 טונות. פילים היום אוכלים מעל 100 ק”ג מזון יבש ביום והפילים הקדומים אכלו אפילו יותר מן הסתם. עובדה זו מעידה כי עמק החולה הקדמון היה סביבה עשירה בצמחיה ומשאבים, סביבה שיכלה לתמוך באוכלוסייה של פילים שהתקיימו כאן במשך מאות אלפי שנים. הפילים נעלמים מהרקורד הארכיאולוגי של ארץ ישראל לפני כארבע מאות אלף שנים. הדעות חלוקות על הסיבה להיכחדותם ובעיקר על תפקידו של האדם בהכחדה זו.
פיל אפריקאי / פיל ישר חט / ממוטה שעירה
בעמק החולה נמצאו עצמות פילים במעיין ברוך ובגשר בנות יעקב. במעיין ברוך נאספו שברי עצמות, פיסות מחטים (שנהב) ושיני פיל (מוצגות בויטרינה). כבר בשנות השלושים, במהלך עבודות ניקוז בערוץ הירדן באזור גשר בנות יעקב נחשפו עצמות פילים כולל חטים גדולים מאוד. חלקן של עצמות אלו, כולל חלקי חטים וחוליה עליונה של עמוד השדרה (אטלס) מוצגות במוזיאון (שימו לב לתאריך הרשום על העצמות).
בשנת 1989, במהלך החפירות באתר של גשר בנות יעקב נחשפה גולגולת של פיל ישר חט. הגולגולת שנחשפה היא קטנה יחסית (פרט צעיר או אולי נקבה).
סביב הגולגולת נמצאו כלים כולל אבני יד וקופיצים, לוחות בזלת גדולים, שבבים רבים של עצמות פיל פזורים סביב וענף עבה של עץ אלון מונח מתחת לגולגולת. הגולגולת עצמה נמצאה הפוכה, כלומר הפנים אל הבוץ.
הפרשנות שהציעו חופרי האתר לממצא מרתק זה מניח כי ציידי הפיל הקדמונים רצו להגיע אל המוח העשיר בערכים תזונתיים (הקדמונים לא ידעו מהם ערכים תזונתיים, הם כנראה פשוט חשבו שהמוח טעים במיוחד). בתחילה ניסו לחדור לגולגולת מהחזית (כפי שמעידים סימני הריסוק באזור כניסת החדק לגולגולת) אלא שעובייה של העצם כאן הוא כמה סנטימטרים. בעקבות כישלונם הפכו הציידים את הגולגולת וחדרו אל המוח דרך הנקב הגדול (foramen magnum) דרכו נכנס עמוד השדרה אל הגולגולת. קורת האלון סייעה להפוך את גולגולת הפיל הענקית שמשקלה יכול להגיע למאות קילוגרמים.

הממצא מגשר בנות יעקב מאפשר לנו להציע כי האנשים שחיו בעמק החולה הקדום לפני כשבע מאות וחמישים אלף שנים צדו פילים, צרכו את בשרם ואת המוח שלהם תוך שימוש בצורה מחוכמת במגוון של כלים העשויים מחומרי גלם שונים.